Workflow-Project

Contributeurs

• Agnès BARNABE
• Hassene BENYEDDER
• Nicolas POULAIN
• Martin DAVY

Introduction

Notre projet avait pour but de rendre le projet docking du M1 reproductible.

Nous avons donc utilisé le système de Workflow Snakemake. Le programmme ainsi développé a été installé dans une machine virtuelle dédiée à python

(PS pour plus d'information cf Snakemake-VM.pdf)

Dans ce git vous ne trouverez que le code qui concerne la partie snakemake

## Utilisation de snakemake pour faire du docking

Dépendances

Il faut dans un premier temps installer les programmes suivants:

• pypy3
• snakemake

Arborescence

./+-----------Python/+---------confs_withH/  -> Conformations du ligand à tester
  |                  |
  |                  +---------Lig_natif.pdb -> Conformation du ligand natif
  |                  |
  |                  +---------Rec_natif.pdb -> Conformation du recepteur natif
  |
  +-----------snakemake/+------fonctions/    -> Module contenants les fonctions
  |                     |
  |                     +------clean.sh      -> Supprime les outputs du snakefile
  |                     |
  |                     +------cornell.py    -> fonction qui calcul le score de cornell
  |                     |
  |                     +------hydrophobic.py-> fonction qui calcul le score d'hydrophobicité
  |                     |
  |                     +------rulegraph.png -> image présente les dépendances des régles
  |                     |
  |                     +------Snakefile     -> programme (ensemble des régles) pour faire le docking
  |
  +-----------README.md                      -> Vous etes en train de le lire =)
  |
  +-----------Snakemake-VM.pdf               -> Notre présentation

Utilisation

Pour lancer notre programme il faut se placer dans le répertoire snakemake/ puis lancer dans un terminal la commande suivante:

snakemake --cores X

Avec X le nombre de coeur que vous voulez utiliser pour ce programme