Error when parsing Olympus microscope files

[fabioperrella]

Hi,

First of all, thanks for all your work with that gem!

We found an error when parsing files from Olympus microscope (I'm not 100% sure about that orign, more details below).

An example:

$ exifr file3.jpg
Traceback (most recent call last):
        17: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/bin/exifr:23:in `<main>'
        16: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/bin/exifr:23:in `load'
        15: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/bin/exifr:53:in `<top (required)>'
        14: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/bin/exifr:53:in `each'
        13: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/bin/exifr:55:in `block in <top (required)>'
        12: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/bin/exifr:8:in `pp_jpeg'
        11: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/bin/exifr:8:in `new'
        10: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/jpeg.rb:34:in `initialize'
         9: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/jpeg.rb:34:in `open'
         8: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/jpeg.rb:34:in `block in initialize'
         7: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/jpeg.rb:124:in `examine'
         6: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/jpeg.rb:124:in `new'
         5: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/tiff.rb:377:in `initialize'
         4: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/tiff.rb:647:in `open'
         3: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/tiff.rb:384:in `block in initialize'
         2: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/tiff.rb:384:in `map'
         1: from /Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/tiff.rb:387:in `block (2 levels) in initialize'
/Users/fabioperrella/.rbenv/versions/2.6.5/lib/ruby/gems/2.6.0/gems/exifr-1.3.6/lib/exifr/tiff.rb:387:in `+': no implicit conversion of Integer into String (TypeError)

For this file, I run exiftool and got this output:

$ exiftool file3.jpg
ExifTool Version Number         : 12.00
File Name                       : file3.jpg
Directory                       : .
File Size                       : 2.1 MB
File Modification Date/Time     : 2020:09:09 16:07:00-03:00
File Access Date/Time           : 2020:09:09 16:07:46-03:00
File Inode Change Date/Time     : 2020:09:09 16:07:45-03:00
File Permissions                : rw-r--r--
File Type                       : JPEG
File Type Extension             : jpg
MIME Type                       : image/jpeg
JFIF Version                    : 1.01
Exif Byte Order                 : Little-endian (Intel, II)
Make                            : Olympus Soft Imaging Solutions
Camera Model Name               : XC30
Orientation                     : Horizontal (normal)
X Resolution                    : 72
Y Resolution                    : 72
Resolution Unit                 : inches
Modify Date                     : 2017:03:03 14:54:31
Artist                          : Uni Vest Arad
Exposure Time                   : 1/1258
Exif Version                    : 0210
Create Date                     : 2017:03:03 14:54:31
Aperture Value                  : 1.0
Subject Distance                : 0.017 m
Metering Mode                   : Average
Flashpix Version                : 0100
Color Space                     : sRGB
Exif Image Width                : 2080
Exif Image Height               : 1544
Exposure Mode                   : Manual
GPS Version ID                  : 33554432
Compression                     : JPEG (old-style)
Thumbnail Offset                : 285 246 285 249 30 97 30 35 33 34 34 34 33 35 34 34 34 35 35 35 36 37 42 38 37 37 37 37 45 41 41 39 42 47 45 48 48 47 45 47 47 49 52 58 53 49 50 56 51 47 47 54 63 54 56 59 59 61 61 61 49 53 64 66 64 60 66 58 60 61 60 285 249 30 97 31 35 35 35 37 36 37 44 38 38 44 60 50 47 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 285 222 30 47 38 30 101 30 126 33 31 64 30 32 47 31 33 47 31 285 226 30 61 30 30 31 35 31 31 31 31 31 31 30 30 30 30 30 30 30 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 285 226 30 211 46 30 32 31 33 33 32 34 33 35 35 34 34 30 30 31 155 31 32 33 30 34 47 35 48 63 79 95 36 49 111 127 37 64 143 50 80 159 175 191 38 65 96 207 223 51 112 239 270 66 81 128 144 160 39 40 52 53 54 55 56 67 68 69 70 71 72 82 83 84 85 86 87 88 97 98 99 100 101 102 103 104 113 114 115 116 117 118 119 120 129 130 131 132 133 134 135 136 145 146 147 148 149 150 151 152 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77 229 156 106 154 186 275 86 265 123 164 102 58 241 177 259 152 49 120 156 236 148 98 30 139 38 193 207 256 196 37 198 90 168 70 202 108 133 206 129 71 211 215 59 199 176 76 96 201 273 161 231 276 277 284 114 111 94 168 193 104 241 161 52 52 231 214 277 276 222 257 263 227 113 180 237 110 105 215 243 51 68 160 254 48 235 214 32 39 57 108 95 230 86 54 222 254 143 269 99 50 268 239 142 203 76 216 171 242 67 172 71 197 207 225 69 184 166 175 158 221 73 62 37 72 78 100 45 125 108 192 199 262 264 75 193 134 203 128 157 90 236 202 97 189 175 94 54 62 126 273 272 176 81 242 271 188 160 168 72 205 191 245 54 205 133 235 259 145 156 240 55 128 180 100 133 36 81 187 168 87 222 236 152 285 30 188 214 267 184 201 201 97 149 72 101 51 216 50 159 118 165 118 258 38 227 104 186 47 229 34 60 152 172 178 111 110 189 113 175 107 273 145 55 52 276 188 68 213 185 235 240 274 285 30 45 103 49 84 272 248 164 203 90 80 180 248 50 254 101 135 62 249 158 219 273 174 150 262 136 236 175 145 256 281 209 187 125 101 238 82 265 144 272 228 252 100 209 83 226 278 116 131 101 114 281 72 191 116 224 206 234 168 96 213 62 78 71 99 51 149 214 196 249 185 133 285 247
Thumbnail Length                : 3312
Image Width                     : 2080
Image Height                    : 1544
Encoding Process                : Baseline DCT, Huffman coding
Bits Per Sample                 : 8
Color Components                : 3
Y Cb Cr Sub Sampling            : YCbCr4:2:0 (2 2)
Aperture                        : 1.0
Image Size                      : 2080x1544
Megapixels                      : 3.2
Shutter Speed                   : 1/1258
Warning                         : RawConv ThumbnailImage: Argument "285 246 285 249 30 97 30 35 33 34 34 34 33 35 34 34 34 3..." isn't numeric in numeric ge (>=)
Thumbnail Image                 : (Binary data 3312 bytes, use -b option to extract)

The error is raised because the start is not an integer at this point:

I noticed that exiftool also warns about that:

Warning: RawConv ThumbnailImage: Argument "285 246 285 249 30 97 30 35 33 34 34 34 33 35 34 34 34 3..."
 isn't numeric in numeric ge (>=)

At this moment, I can't share the file that I used to test, because I got it from the production server and it belongs to a customer. I'm trying to ask for permission to use it as a fixture.

Would it be possible to change something to avoid raising this error?

Maybe detecting that it's not a number and skipping like this:

@jpeg_thumbnails = @ifds.map do |v|
  if v.jpeg_interchange_format.is_a(Integer) && v.jpeg_interchange_format_length.is_a?(Integer)  # <---- my suggestion
    start, length = v.jpeg_interchange_format, v.jpeg_interchange_format_length
    data[start..(start + length)]
  end
end.compact

[remvee]

Thanks for reporting this! You solution looks fine. Let's include some logging too:

        @jpeg_thumbnails = @ifds.map do |v|
          if v.jpeg_interchange_format && v.jpeg_interchange_format_length
            start, length = v.jpeg_interchange_format, v.jpeg_interchange_format_length
            if Integer === start && Integer === length
              data[start..(start + length)]
            else
              EXIFR.logger.warn("Non numeric JpegInterchangeFormat data")
              nil
            end
          end
        end.compact

Can you make a PR? I'd like a test case with a fixture but this seems so obvious, I'll accept it without one too.

[fabioperrella]

great, I will do it tomorrow!

[remvee]

Fixed by #66