index.jp.qmd

# いらっしゃいませ {-}

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<meta name="description" content="The Epi R Handbook is an R reference manual for applied epidemiology and public health.">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

<!-- <span style="color: red;">**THIS IS A DRAFT.  REVIEWERS GIVE FEEDBACK AT THIS [LINK](https://forms.gle/4RNdRRLGx67xW9yq9)**.</span> -->

<!-- <span style="color: darkgreen;">**DO YOU LIKE THIS HANDBOOK? SHOULD SOMETHING BE CHANGED? PLEASE TELL US!**</span> -->

<!-- <form target="_blank" action="https://forms.gle/A5SnRVws7tPD15Js9"> -->
<!--     <input type="submit" value="FEEDBACK" /> -->
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<!-- ======================================================= -->
<!-- ## An R reference manual for applied epidemiology and public health {.unnumbered} -->


<!-- <span style="color: brown;">**The Epi R Handbook is an R reference manual for applied epidemiology and public health.**</span> -->

<!-- ## About this handbook   -->

## 疫学や公衆衛生に関わる業務のための R {-}  


**利用実績**: 本ハンドブックは、世界中 **85 万人に 300 万回以上** 利用されています。

**目的:** 疫学業務や研究で頻繁に直面する課題に対する対処法の実例を扱い、素早く使用できる R のリファレンスマニュアルとしてオンラインでも**[オフライン](#data-used)**でも機能する  

**R を始めたばかりですか？** アメリカ CDC、WHO、その他 400 以上の保健機関および世界中のフィールドエピトレーニングプログラムで使用されている **[無料の自己学習型チュートリアル](https://www.appliedepi.org/tutorial/)** または、、ライブリモート型の **[intro course](https://www.appliedepi.org/live/)** を試してください

**本書は他の言語でも利用できます:** [英語 (English)](https://epirhandbook.com/en/), [ベトナム語 (Tiếng Việt)](https://epirhandbook.com/vn/), [フランス語 (Français)](https://epirhandbook.com/fr), [スペイン語 (Español)](https://epirhandbook.com/es/), [日本語](https://epirhandbook.com/jp/), [トルコ語 (Türkçe)](https://epirhandbook.com/tr/), [ポルトガル語 (Português)](https://epirhandbook.com/pt/), [ロシア (Русский)](https://epirhandbook.com/ru)  


<!-- * Use practical epi examples - cleaning case linelists, making transmission chains and epidemic curves, automated reports and dashboards, modeling incidence and making projections, demographic pyramids and rate standardization, record matching, outbreak detection, survey analysis, survival analysis, GIS basics, contact tracing, phylogenetic trees...   -->



<!-- **How is this different than other R books?**   -->

<!-- * It is community-driven - *written for epidemiologists by epidemiologists* in their spare time and leveraging experience in local, national, academic, and emergency settings   -->

<!-- Dual-column created based on the rmarkdown cookbook here: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/multi-column.html -->

<!-- <form target="_blank" action="https://www.paypal.com/donate?hosted_button_id=YTEZELC8VBXV6"> -->
<!--     <input type="submit" value="Donate to maintain this resource" /> -->
<!-- </form> -->

<br>
<span style="color: black;">**疫学者や疫学実務者によって書かれた、疫学者や疫学実務者のためのハンドブック**</span>

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\ 
<!-- an empty Div (with a white space), serving as
a column separator -->
:::

::: {}

**[Applied Epi](http://www.appliedepi.org)** は、世界中の第一線で活躍する疫学者や疫学実務者による非営利団体であり、草の根運動です。私たちは、自分たちのもつリソースをコミュニティに提供するために、空き時間を使って執筆しています。皆様の励ましやご意見をお待ちしております。  

* 公式ウェブサイト（英語）は **[こちら](http://www.appliedepi.org)**
* メーリングリスト（英語）への登録は **[こちら](https://forms.gle/9awNd8syypTSYUsn7)**  
* メールでのお問い合わせ先（英語）： **contact@appliedepi.org** 
* ツイッター： **[\@epiRhandbook](https://twitter.com/epirhandbook)**（英語） **[\@epiRhandbook_jp](https://twitter.com/epirhandbook)**（日本語）
* LinkedIn（英語）は **[こちら](https://linkedin.com/company/appliedepi)**
* Github でのイシュー（Issue）の作成は、**[こちら](https://github.com/appliedepi/epiRhandbook_eng)** （英語・日本語どちらでも可） 

また、数十年にわたる疫学や疫学実務の経験を持つ講師による**リアルタイムの R トレーニング**も提供しています（現在は英語のみ）。ご興味のある方は、メールでご相談ください。
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<img alt="" border="0" src="https://www.paypal.com/en_US/i/scr/pixel.gif" />
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## 本書の使い方 {-} 

* 左側にある目次を参照する、又は検索ボックスを使用します。  
* 各章にあるコードをコピーしたい場合は、「コピー（copy）」アイコンをクリックしてください。  
* 例題で使用されている [サンプルデータ](#data-used) を使用すると、本書の内容をお手元の環境で実践しながら学ぶことができます。  

**オフライン版の使い方**  

[ハンドブックとデータのダウンロード](#data-used) の章をご覧ください。  



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## 謝辞および注意事項 {-}  

このハンドブックは、世界各地の疫学者や疫学実務者の協力により、地方、州、県、国の各保健機関、世界保健機関（World Health Organization; WHO）、国境なき医師団（MSF）、病院や学術機関などでの経験をもとに作成されています。

本ハンドブックは、**特定の団体から公認を得たものではありません**。正確性を期していますが、本書の内容を保証するものではありません。  


### 作成者 {-}  

**編集者**: [Neale Batra](https://www.linkedin.com/in/neale-batra/) 

**著者**: [Neale Batra](https://www.linkedin.com/in/neale-batra/), [Alex Spina](https://github.com/aspina7), [Paula Blomquist](https://www.linkedin.com/in/paula-bianca-blomquist-53188186/), [Finlay Campbell](https://github.com/finlaycampbell), [Henry Laurenson-Schafer](https://github.com/henryls1), [Isaac Florence](www.Twitter.com/isaacatflorence), [Natalie Fischer](https://www.linkedin.com/in/nataliefischer211/), [Aminata Ndiaye](https://twitter.com/aminata_fadl), [Liza Coyer]( https://www.linkedin.com/in/liza-coyer-86022040/), [Jonathan Polonsky](https://twitter.com/jonny_polonsky), [Yurie Izawa](https://ch.linkedin.com/in/yurie-izawa-a1590319), [Chris Bailey](https://twitter.com/cbailey_58?lang=en), [Daniel Molling](https://www.linkedin.com/in/daniel-molling-4005716a/), [Isha Berry](https://twitter.com/ishaberry2), [Emma Buajitti](https://twitter.com/buajitti), [Mathilde Mousset](https://mathildemousset.wordpress.com/research/), [Sara Hollis](https://www.linkedin.com/in/saramhollis/), Wen Lin  

**査読者および支援者**: Pat Keating,  [Amrish Baidjoe](https://twitter.com/Ammer_B), Annick Lenglet, Margot Charette, Danielly Xavier, Marie-Amélie Degail Chabrat, Esther Kukielka, Michelle Sloan, Aybüke Koyuncu, Rachel Burke, Kate Kelsey, [Berhe Etsay](https://www.linkedin.com/in/berhe-etsay-5752b1154/), John Rossow, Mackenzie Zendt, James Wright, Laura Haskins, [Flavio Finger](ffinger.github.io), Tim Taylor, [Jae Hyoung Tim Lee](https://www.linkedin.com/in/jaehyoungtlee/), [Brianna Bradley](https://www.linkedin.com/in/brianna-bradley-bb8658155), [Wayne Enanoria](https://www.linkedin.com/in/wenanoria), Manual Albela Miranda, [Molly Mantus](https://www.linkedin.com/in/molly-mantus-174550150/), Pattama Ulrich, Joseph Timothy, Adam Vaughan, Olivia Varsaneux, Lionel Monteiro, Joao Muianga  

**日本語版翻訳者**: [苅谷 瞳](https://www.linkedin.com/in/hitomikariya/), [西田 典充](https://twitter.com/NorimitsuNishi1), [齋藤 雄介](https://ysaito.dev), [馬場 美彦](https://www.uclmail.net/users/babayoshihiko/), 麸沢 美裕, [髙 勇羅](https://twitter.com/YuraKKo3), [藤井 亮輔](https://scholar.google.com/citations?user=IFFZUGcAAAAJ&hl=en), 浅野 裕太, [小山 佑奈](https://scholar.google.com/citations?user=33apYbwAAAAJ&hl=en), 山浦 礼子, 谷 拓朗, [川添 百合香](https://scholar.google.co.jp/citations?user=aZbuSCIAAAAJ&hl=ja), [中村 星斗](https://www.linkedin.com/in/seito-nakamura/), 西川 寛来, [長島 健悟](https://nshi.jp/en/), 茅野 大志, [伏見 淳](https://researchmap.jp/atsushi-fushimi), [平 友樹](https://twitter.com/flaty13), [佐藤 俊太朗](https://scholar.google.co.jp/citations?user=uZtTkBAAAAAJ&hl=ja), [山口 征啓](https://twitter.com/ID_HelpDesk), [中根 優里](https://www.linkedin.com/in/yuri-nakane-65183a215), [堺 琴美](https://orcid.org/0000-0002-8700-9029), 石原 裕也

**図版制作者**: Calder Fong  


<!-- **Editor-in-Chief:** Neale Batra  -->

<!-- **Project core team:** Neale Batra, Alex Spina, Amrish Baidjoe, Pat Keating, Henry Laurenson-Schafer, Finlay Campbell   -->

<!-- **Authors**: Neale Batra, Alex Spina, Paula Blomquist, Finlay Campbell, Henry Laurenson-Schafer, [Isaac Florence](www.Twitter.com/isaacatflorence), Natalie Fischer, Aminata Ndiaye, Liza Coyer, Jonathan Polonsky, Yurie Izawa, Chris Bailey, Daniel Molling, Isha Berry, Emma Buajitti, Mathilde Mousset, Sara Hollis, Wen Lin   -->

<!-- **Reviewers**: Pat Keating, Mathilde Mousset, Annick Lenglet, Margot Charette, Isha Berry, Paula Blomquist, Natalie Fischer, Daniely Xavier, Esther Kukielka, Michelle Sloan, Aybüke Koyuncu, Rachel Burke, Daniel Molling, Kate Kelsey, Berhe Etsay, John Rossow, Mackenzie Zendt, James Wright, Wayne Enanoria, Laura Haskins, Flavio Finger, Tim Taylor, Jae Hyoung Tim Lee, Brianna Bradley, Manual Albela Miranda, Molly Mantus, Priscilla Spencer, Pattama Ulrich, Joseph Timothy, Adam Vaughan, Olivia Varsaneux, Lionel Monteiro, Joao Muianga   -->


### 資金支援 {-}  

このハンドブックは、主にボランティアによってのべ数千時間をかけて作られました  

このハンドブックは、実地疫学研修プログラム（Field Epidemiology Training Programs; FETPs）の世界的ネットワークである [TEPHINET](https://www.tephinet.org/) より、新型コロナウイルス感染症のための緊急助成金（COVID-19 emergency capacity-building grant）による支援を受けました。 

運営面では、EPIET 同窓生の会（EPIET Alumni Network; [EAN](https://epietalumni.net/)）、とりわけ Annika Wendland から多大なる支援を受け、ここに謝意を示します。EPIET とは、介入疫学トレーニングのための欧州プログラム（European Programme for Intervention Epidemiology Training）の略称です。   

本ハンドブックの作成にあたり、国境なき医師団（MSF）アムステルダム運営センター（Operational Centre Amsterdam; OCA）からもご支援いただき、ここに謝意を表します。  


*本書は、国際保健タスクフォース（The Task Force for Global Health）のプログラムである TEPHINET を通じて、米国疾病対策センター（Centers for Disease Control and Prevention; CDC）から資金提供を受けた協力契約番号 NU2GGH001873 により作成されました。本書の内容は著者の責任によるものであり、CDC、米国保健福祉省（Department of Health and Human Services）、The Task Force for Global Health, Inc.またはTEPHINET の公式見解を必ずしも示すものではありません。*



### インスピレーション {-}  

本書の内容を作成・開発するための知識の元になった多くのチュートリアルやドキュメントは、各章のページでクレジットされています。  

以下の資料が本書に多大なインスピレーションを与えてくれた主な参考資料は、以下の通りです。

[The "R4Epis" project](https://r4epis.netlify.app/) (MSF と RECON による共同プロジェクト)  
[R Epidemics Consortium (RECON)](https://www.repidemicsconsortium.org/)  
[R for Data Science book (R4DS)](https://r4ds.had.co.nz/)  
[bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown](https://bookdown.org/yihui/bookdown/)  
[Netlify](https://www.netlify.com) によってこのウェブサイトはホストされています。 


<!-- ### Image credits {-}   -->

<!-- Images in logo from US CDC Public Health Image Library) include [2013 Yemen looking for mosquito breeding sites](https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=19623), [Ebola virus](https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=23186), and [Survey in Rajasthan](https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=19838).   -->


## 利用規約・投稿規約 {-}  

### ライセンス {.unnumbered} 

<a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/"><img alt="Creative Commons License" style="border-width:0" src="https://i.creativecommons.org/l/by-nc-sa/4.0/88x31.png" /></a> Applied Epi Incorporated, 2021 <br />本書は、 <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">クリエイティブ・コモンズ 表示 - 非商用 - 継承 4.0 国際ライセンス（Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License）</a>に基づき、Applied Epi Incorporated によってライセンスされています。


授業や疫学者養成研修プログラムの提供者は、本ハンドブックの使用や翻案について、お気軽にお問い合わせください。(email **contact@appliedepi.org**).  


### 引用形式 {.unnumbered}

Batra, Neale, et al. The Epidemiologist R Handbook. 2021.  <a rel="license" href="https://zenodo.org/badge/231610102.svg"><img alt="DOI" style="border-width:0" src="https://zenodo.org/badge/231610102.svg" /></a><br />

### コントリビューション {.unnumbered}  

本書の内容に貢献したい方は、まず Github のイシュー（Issues） またはメールにてご連絡ください。現在、本書の更新スケジュールやコントリビューターガイドを作成中です。 

なお、本プロジェクトは、[コントリビューター行動規約（Contributor Code of Conduct）](https://contributor-covenant.org/version/2/0/CODE_OF_CONDUCT.html)と共に公開されていることにご注意ください。本プロジェクトに貢献すると、その規約に従うことに同意したことになります。