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# Bienvenue {-}

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<meta name="description" content="The Epi R Handbook est un manuel de référence sur l'utilisation de R en épidémiologie appliquée et santé publique.">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

<!-- <span style="color: red;">**THIS IS A DRAFT.  REVIEWERS GIVE FEEDBACK AT THIS [LINK](https://forms.gle/4RNdRRLGx67xW9yq9)**.</span> -->

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<!-- </form> -->

<!-- ======================================================= -->
<!-- ## An R reference manual for applied epidemiology and public health {.unnumbered} -->


<!-- <span style="color: brown;">**The Epi R Handbook is an R reference manual for applied epidemiology and public health.**</span> -->

<!-- ## About this handbook   -->

## R pour l'épidémiologie appliquée et la santé publique {-}  

**Utilisation** : Ce manuel a été utilisé **plus de 3 millions de fois par 850 000 personnes** dans le monde entier.

**Objectif:** Servir de manuel de référence rapide du code R (en ligne et **[hors line](#download_book_data)**) avec des exemples centrés sur la tâche qui traitent des problèmes épidémiologiques courants.  

**Essayez nos [tutoriels interactifs gratuits](https://www.appliedepi.org/tutorial/)** ou notre **[cours d'introduction](https://www.appliedepi.org/live/)** synchrone et virtuel utilisé par les CDC américains, l'OMS et plus de 130 autres agences de santé et programmes de formation à l'épidémiologie sur le terrain dans le monde entier.  

**Langues:** [Anglais (English)](https://epirhandbook.com/), [Espagnol (Español)](https://epirhandbook.com/es/), [Vietnamien (Tiếng Việt)](https://epirhandbook.com/vn/), [Japonais (日本)](https://epirhandbook.com/jp/), [Turc (Türkçe)](https://epirhandbook.com/tr/), [Francais](https://epirhandbook.com/fr/), [Portugais (Português)](https://epirhandbook.com/pt/), [Russe](https://epirhandbook.com/ru/)  


<br>
<span style="color: black;">**Rédigé par des épidémiologistes, pour des épidémiologistes**</span>


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\ 
<!-- an empty Div (with a white space), serving as
a column separator -->
:::

::: {}


**[Applied Epi](http://www.appliedepi.org)** est une organisation à but non lucratif et un mouvement d'épis de première ligne du monde entier. Nous écrivons pendant notre temps libre pour offrir cette ressource à la communauté. Vos encouragements et vos commentaires sont les bienvenus :  

* Visitez notre **[site web](http://www.appliedepi.org)** et **[rejoignez notre liste de contacts](https://forms.gle/9awNd8syypTSYUsn7)**.  
* **contact@appliedepi.org**, tweeter **[\@appliedepi](https://twitter.com/appliedepi)**, ou **[LinkedIn](https://linkedin.com/company/appliedepi)**  
* Soumettre des problèmes à notre **[dépôt Github](https://github.com/appliedepi/epirhandbook_eng)**  

**Nous proposons des formations R en direct** dispensées par des formateurs ayant des décennies d'expérience en épidémiologie appliquée - [www.appliedepi.org/live](www.appliedepi.org/live).
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:::: 

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</form>


## Comment utiliser ce manuel {-} 

* Parcourez les pages de la table des matières ou utilisez la boîte de recherche.
* Cliquez sur les icônes "copier" pour copier le code.  
* Vous pouvez suivre avec [les données d'exemple de le chapitre](#download_book_data).  

**Version hors ligne**  

Voir les instructions de la page [Télécharger le manuel et les données](#download_book_data).  

<!-- ======================================================= -->
## Remmerciements {-}  

Cet ouvrage est le fruit du travail d'une équipe internationale d'épidémiologistes, qui se sont appuyés sur leur expérience auprès d'organisations telles que les agences sanitaires locales, régionales, provinciales et nationales de divers pays, l'Organisation mondiale de la santé (OMS), Médecins Sans Frontières (MSF), les systèmes hospitaliers et les institutions universitaires.

Ce guide n'est **pas** un produit approuvé par une organisation spécifique. Bien que nous nous soyons efforcés à être précis, nous ne pouvons fournir aucune garantie quant au contenu de ce livre.  


### Auteurs et contributeurs {-}  

**Editeur:** [Neale Batra](https://www.linkedin.com/in/neale-batra/) 

**Commité éditorial** [Neale Batra](https://www.linkedin.com/in/neale-batra/), [Alex Spina](https://github.com/aspina7), [Amrish Baidjoe](https://twitter.com/Ammer_B), Pat Keating, [Henry Laurenson-Schafer](https://github.com/henryls1), [Finlay Campbell](https://github.com/finlaycampbell)  

**Auteurs et autrices**: [Neale Batra](https://www.linkedin.com/in/neale-batra/), [Alex Spina](https://github.com/aspina7), [Paula Blomquist](https://www.linkedin.com/in/paula-bianca-blomquist-53188186/), [Finlay Campbell](https://github.com/finlaycampbell), [Henry Laurenson-Schafer](https://github.com/henryls1), [Isaac Florence](www.Twitter.com/isaacatflorence), [Natalie Fischer](https://www.linkedin.com/in/nataliefischer211/), [Aminata Ndiaye](https://twitter.com/aminata_fadl), [Liza Coyer]( https://www.linkedin.com/in/liza-coyer-86022040/), [Jonathan Polonsky](https://twitter.com/jonny_polonsky), [Yurie Izawa](https://ch.linkedin.com/in/yurie-izawa-a1590319), [Chris Bailey](https://twitter.com/cbailey_58?lang=en), [Daniel Molling](https://www.linkedin.com/in/daniel-molling-4005716a/), [Isha Berry](https://twitter.com/ishaberry2), [Emma Buajitti](https://twitter.com/buajitti), [Mathilde Mousset](https://mathildemousset.wordpress.com/research/), [Sara Hollis](https://www.linkedin.com/in/saramhollis/), Wen Lin, Olivia Boyd 

**Relecture**: Pat Keating, Annick Lenglet, Margot Charette, Danielly Xavier, Esther Kukielka, Michelle Sloan, Aybüke Koyuncu, Rachel Burke, Kate Kelsey, [Berhe Etsay](https://www.linkedin.com/in/berhe-etsay-5752b1154/), John Rossow, Mackenzie Zendt, James Wright, Laura Haskins, [Flavio Finger](ffinger.github.io), Tim Taylor, [Jae Hyoung Tim Lee](https://www.linkedin.com/in/jaehyoungtlee/), [Brianna Bradley](https://www.linkedin.com/in/brianna-bradley-bb8658155), [Wayne Enanoria](https://www.linkedin.com/in/wenanoria), Manual Albela Miranda, [Molly Mantus](https://www.linkedin.com/in/molly-mantus-174550150/), Pattama Ulrich, Joseph Timothy, Adam Vaughan, Olivia Varsaneux, Lionel Monteiro, Joao Muianga  

**Illustrations**: Calder Fong  

**Traduction**: Aminata Ndiaye, Olivia Boyd, Anais Legrand, Marie-Amelie Degail-Chabrat, Yves Amevoin, Laura Downham, Lise Grout, Margot Charette, Mathilde Mousset, Noe Guincko, Mor Ndiaye, Elysée Junior, Nerisson Joseph, Bryan Tegomoh, Marcel Woung, Amy Mikhail, Lucie Fournier, Paul-Evans Ehouman, Kelly McCain

<!-- **Editor-in-Chief:** Neale Batra  -->

<!-- **Project core team:** Neale Batra, Alex Spina, Amrish Baidjoe, Pat Keating, Henry Laurenson-Schafer, Finlay Campbell   -->

<!-- **Authors**: Neale Batra, Alex Spina, Paula Blomquist, Finlay Campbell, Henry Laurenson-Schafer, [Isaac Florence](www.Twitter.com/isaacatflorence), Natalie Fischer, Aminata Ndiaye, Liza Coyer, Jonathan Polonsky, Yurie Izawa, Chris Bailey, Daniel Molling, Isha Berry, Emma Buajitti, Mathilde Mousset, Sara Hollis, Wen Lin   -->

<!-- **Reviewers**: Pat Keating, Mathilde Mousset, Annick Lenglet, Margot Charette, Isha Berry, Paula Blomquist, Natalie Fischer, Daniely Xavier, Esther Kukielka, Michelle Sloan, Aybüke Koyuncu, Rachel Burke, Daniel Molling, Kate Kelsey, Berhe Etsay, John Rossow, Mackenzie Zendt, James Wright, Wayne Enanoria, Laura Haskins, Flavio Finger, Tim Taylor, Jae Hyoung Tim Lee, Brianna Bradley, Manual Albela Miranda, Molly Mantus, Priscilla Spencer, Pattama Ulrich, Joseph Timothy, Adam Vaughan, Olivia Varsaneux, Lionel Monteiro, Joao Muianga   -->


### Financements {-}  

Le manuel a reçu un financement de soutien via une subvention d'urgence COVID-19 pour le renforcement des capacités de la part de [TEPHINET](https://www.tephinet.org/), le réseau mondial des programmes de formation en épidémiologie de terrain (FETP).  

Le réseau des anciens d'EPIET ([EAN](https://epietalumni.net/)) a fourni un soutien administratif (Annika Wendland en particulier). EPIET est le programme européen de formation en épidémiologie d'intervention.

Nous remercions tout particulièrement le Centre Opérationnel d'Amsterdam de Médecins Sans Frontières (MSF OCA) pour son soutien lors de l'élaboration de ce manuel.  

**Cette publication a été soutenue par l'accord de coopération numéro NU2GGH001873, financé par les Centers for Disease Control and Prevention par le biais de TEPHINET, un programme de "The Task Force for Global Health". Son contenu relève de la seule responsabilité des auteurs et ne reflète pas les opinions officielles des Centers for Disease Control and Prevention, du Department of Health and Human Services, de The Task Force for Global Health, Inc. ou de TEPHINET.**


### Inspirations {-}  

Nous nous sommes inspiré de multiples tutoriels, livres et vignettes développés par la communauté pour développer ce manuel. Ces ressources, sont crédités dans les chapitres respectifs, mais nous souhaitons citer quelques sources d'inspiration générales que nous utilisons de manière récurrente :  

[The "R4Epis" project](https://r4epis.netlify.app/) (une collaboration entre MSF et RECON)  
[R Epidemics Consortium (RECON)](https://www.repidemicsconsortium.org/)  
[R for Data Science book (R4DS)](https://r4ds.had.co.nz/)  
[bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown](https://bookdown.org/yihui/bookdown/)  
[Netlify](https://www.netlify.com) qui héberge ce site 


<!-- ### Image credits {-}   -->

<!-- Images in logo from US CDC Public Health Image Library) include [2013 Yemen looking for mosquito breeding sites](https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=19623), [Ebola virus](https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=23186), and [Survey in Rajasthan](https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=19838).   -->


## Conditions d'utilisation et contribution {-}  

### License {.unnumbered} 

<a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/"><img alt="Creative Commons License" style="border-width:0" src="https://i.creativecommons.org/l/by-nc-sa/4.0/88x31.png" /></a><br />Ce document est mis à disposition selon les termes de lalicence <a rel="license" href="https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/deed.fr">Creative Commons Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) </a>.


N'hésitez pas à utiliser les contenus de ce manuel dans vos cours et formations en épidémiologie, ou à le conseiller à vos étudiants. Si vous avez des questions sur l'utilisation que vous souhaitez en faire, envoyez un courriel à **contact@appliedepi.org**.  

### Citation {.unnumbered}

Batra, Neale, et al. The Epidemiologist R Handbook. 2021.  <a rel="license" href="https://zenodo.org/badge/231610102.svg"><img alt="DOI" style="border-width:0" src="https://zenodo.org/badge/231610102.svg" /></a><br />

### Contribuer {.unnumbered}  

Si vous souhaitez contribuer à cet ouvrage, veuillez d'abord nous contacter via les tickets (_issues_) Github ou par courriel. Nous sommes en train de développer un calendrier de mise à jour et un guide du contributeur.  

Veuillez noter que le projet epiRhandbook est publié avec un [code de conduite du contributeur](https://contributor-covenant.org/version/2/0/CODE_OF_CONDUCT.html). En contribuant à ce projet, vous acceptez de vous conformer à ses conditions.